Čierne Kľačany ležia v severnej časti Podunajskej pahorkatiny zastúpenej Hronskou pahorkatinou, v tesnej blízkosti Pohronského Inovca. Obec je súčasťou Nitrianskeho kraja. Nachádza sa v okrese Zlaté Moravce a tiež je jednou z členských obcí mikroregiónu „Požitavie – Širočina – záujmového združenia obcí pre CR“, ktorý sa nachádza v severovýchodnej časti Nitrianskeho kraja.
Katastrálnym územím preteká vodný tok Širočina. Južne od intravilánu obce sa do neho vlieva potok Bočovka, tečúci v západnom až severozápadnom smere z pohoria Pohronský Inovec.
Z hľadiska dopravnej dostupnosti je obec vzdialená od okresného mesta Zlaté Moravce 4 km smerom na juhovýchod. Okrajom obce prechádzajú cesty III. triedy spájajúce Zlaté Moravce s Vrábľami a Zlaté Moravce s Levicami cez Mochovce, ako i žleleznica v smere Zlaté Moravce – Kozárovce.
Rozloha obce: 1 098 ha
Počet obyvateľov (k 31.12.2016): 1 122
Výškové rozpätie v obci : 180 - 500 m. n. m. (stred obce: 195 m. n. m.)
